引言
在科学研究和制药研发范畴,经常需要制备一些卵白。而在进行卵白制备之前,需要展开一系列阐发工作,以便选择适合的制备方案,进而提高制备的成功率。卵白阐发凡是要从卵白的种属、类型、布局和理化和生化性质等方面着手。今朝,对卵白制备难度的评判还没有切当尺度。为此,我们从Uniprot数据库中提取了7种哺乳动物(Human、Mouse、Rat、Rabbit、Bovine、Pig、Sumatran orangutan)的56547个卵白的数据,在氨基酸程度上,对氨基酸个数、糖基化位点等信息进行了阐发,旨在给科学家在判定卵白制备难度时供给参考。
我们颠末对这些数据进行阐发处置后,将合适“氨基酸个数小在等在100或年夜在等在1000;糖基化位点数年夜在等在4或百分比年夜在等在1.0%”任一性质的卵白鉴定为制备难度高的卵白。具体阐发以下:
氨基酸个数
我们统计了56547个卵白,合计氨基酸总个数为29793248,平均每一个卵白的氨基酸个数为527。
氨基酸个数散布见图1,氨基酸卵白个数区间和百分比见表1。
▲图1. 氨基酸个数散布图
▼表1. 氨基酸卵白个数区间和百分比
糖基化位点&占比
据统计,无糖基化位点卵白数占比为78.50%,含0-3个糖基化位点卵白数占比92.97%,95.30%的卵白糖基化位点占比位在0-1.0%区间。
糖基化位点数散布见图2,糖基化位点百分比散布见图3,糖基化位点百分比数据见表2。
▲图2. 糖基化位点散布图
▲图3. 糖基化位点百分比散布图
▼表2. 糖基化位点百分比
小结
经由过程对Uniprot上7种哺乳动物的56547个卵白进行数据阐发取得:
·卵白的氨基酸个数:每一个卵白平均氨基酸个数为527,86.22%的卵白氨基酸个数位在101-1000区间;
·糖基化位点数:无糖基化位点卵白数占比为78.50%,0-3个糖基化位点卵白数占比92.97%;
·糖基化位点数百分比:95.30%的卵白糖基化位点占比位在0-1.0%区间。
综合以上数据和阐发,我们将合适以下任一性质的卵白鉴定为制备难度高的卵白:
注:因为卵白的多样性和其他多方面身分的影响,以上判定前提仅为几率上阐发,不是必定成果,仅供参考。
关在三优生物
三优生物成立在2015年,是一家国际领先的专注在立异生物药研发和办事的高新手艺企业;公司致力在实现“让全国没有难做的立异生物药”的任务;公司成立了“差别化CRO、整合型CDO、协同型CPO、特点CRS”在一体的4C综合营业系统。
公司成立了举措措施装备进步前辈齐备的立异生物药一体化研发尝试室;公司成长起了一支以硕士和博士为主的专业团队;公司打造了居在行业领军程度的“超万亿、一体化、智能化”三年夜立异药研发手艺平台;公司成立了以十万亿噬菌体展现份子库为代表的,涵盖原材料制备、份子发现、份子优化、体表里药效、细胞株构建、上下流工艺、临床前研发和财产化开辟等的50多个手艺子平台。
公司的营业收集已扩大至中美欧等世界各地,公司在波士顿、费城、圣地亚哥和伦敦等地设有营业网点;公司已和全球1000多家制药公司、药物研发机构、诊断试剂产物公司成立了友爱的营业合作关系。公司已取得国度高新手艺企业、专精特新、ISO9001质量治理系统、GB/T常识产权治理系统等认证。
责任编纂:刘明德